由於遭到谜样的宇宙怪兽袭击，高屋法子失去身为宇宙战舰「Luxion」提督的父亲。她继承父亲的遗志，想成为宇宙驾驶员。但是──！GAINAX名作OVA众所瞩目漫画化登场！
与敬爱的学姊天野和美、教练太田宏一朗一起抵达宇宙基地的高屋法子。在那里与天才驾驶员容格‧弗洛伊德相遇──！各自命运急转直下的第2集！
高屋法子与学姐天野和美分开，决定与史密斯．托伦组成搭档。可是在与宇宙怪兽的战斗中，令人意想不到的悲剧袭来──！到底法子能不能够扭转命运呢？
同伴在与宇宙怪兽的战斗中一一倒下，高屋法子一个人坐进GunBuster，击退敌人。归还地球，等着她的是人们时光流逝後的生活。法子在此时与好友樋口纪美子再会……！
西元2048年，高屋法子与容格．佛洛伊德为了歼灭宇宙怪兽的「Carneades计画」，加入「银河中心突击舰队」执行任务。太田和美也在此时加入，展开使用黑洞炸弹的最终计画！长久以来的战争终於要结束了──!?
完结