在校外教学中前去参访忍者屋的高中生阿一，在参观时被卷入不可思议的机关里后，穿越时空，进入了伊贺与甲贺两股势力互相争斗着的忍者世界。阿一为了找出回到现代的线索，尝试潜入忍者的教育设施「红学园」。但那里竟然是「严禁男子的女忍学园」……！？
潜入女忍教育设施「红学园」的高中生阿一，为了寻找藏有回到现代的提示的「忍法帖」，而每日东奔西走。阿一为了找寻线索而潜入旧校舍，且好不容易死里逃生，却被菖蒲逼问着潜入的理由……！？
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