女国中生辉夜与向日葵是儿时玩伴，某日却遭邪恶秘密组织千年盛世掳走。辉夜在那里得知了令人难以置信的世界真相，并且获得了「变身」为魔法少女的力量－－？
被赋予了「变身」为魔法少女能力的女国中生．辉井辉夜，为了拯救与自己同样变成魔法少女的挚友向日葵，而投身于邪神们所安排的魔法少女对决「邪神战争」－－此时新的魔法少女也现身，魔法少女之间将展开更加激烈的战斗－－！？
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