1999年，新宿──在修复完人理的藤丸立香等迦勒底人员面前，出现了新的特异点。为了修正扭曲的历史，藤丸再度进行灵子转移，而在那里等待着他的，是排除了「恶」以外事物的永夜魔境。与自称「新宿的弓兵」的谜之使役者一同闯越世纪末的摩天楼！！
藤丸立香总算逃过了横行于新宿的巨大狼型使役者的攻击。一身黑衣的骑士王──阿特莉亚．潘德拉岗〔奥塔（Alter）〕现身拯救了他，并告诉他「新宿的弓兵正是创造出这个特异点的幕后黑手之一」这项震撼事实。企图修复特异点之人、企图掌控此处之人、持续暗中行动之人──以化为邪恶之都的新宿为舞台，各种不同的思绪正四处奔走！！
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