贤知回到了东京，所有事情乍看之下都已经过去，“朋友”的飞碟被击落，恐怖病毒开发出疫苗，东京都民逃过一劫…可是游戏还没有结束，真正的危机潜藏在背後，这个危机到底是什麽？人类真正的和平何时才能到来？(2008年1月15日上市)
(完结篇)「朋友」死後，乍看之下世界终於获得和平，但其实「朋友」的阴谋还在继续进行。贤知得知反阳子炸弹的存在之後，他为了寻找解除炸弹的线索而进入虚拟游乐设施，最後他终於找到，机器人已经启动，他可以及时通知神乃吗？人类可以逃过这一劫吗？20世纪少年，在此划上句点！(2008年1月30日上市)
完结